Na terenie Nadleśnictwa Mircze zostało zlokalizowanych 9 obszarów NATURA 2000, o łącznej powierzchni  ponad 3 000 ha. 

Dolina Środkowego Bugu PLB060003

Dolina Środkowego Bugu zajmuje powierzchnię 28 096,55 ha, z czego 7,19 znajduje się na terenie lasów Nadleśnictwa. Obszar stanowi odcinek doliny Bugu między okolicą miejscowości Gołębie, a Terespolem, gdzie rzeka staje się rzeką graniczną. Na całym odcinku rzeka ma naturalny charakter, z licznymi meandrami i starorzeczami. Koryto jest głęboko wycięte, skarpy osiągają kilka metrów wysokości. Dolina rzeki zajęta jest przez łąki, miejscami niewielkie płaty zdegradowanych lasów nadrzecznych, kępy zarośli wierzbowych i pola uprawne. Występują tu co najmniej 22 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 9 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi oraz bogata flora roślin naczyniowych.

Ostoja Tyszowiecka PLB 060011

Zajmuje ona obszar 11 029,41 ha, z czego 1 392,89 ha na terenie Nadleśnictwa. Rozległy obszar obejmujący cała dolinę rzeki Sieniochy i środkowy odcinek doliny Huczwy. Obniżenia w dolinie wypełnione są torfami występującymi na utworach kredowych lub piaszczystych. Obszar występowania utworów piaszczystych porośnięty jest borami. Na żyźniejszych siedliskach występują lasy grądowe, a na terenach podmokłych olsy.  W górnym biegu Sieniochy znajdują się dwa kompleksy stawów rybnych (Dub i Swaryczów), na których prowadzona jest gospodarka rybacka. Duża część torfowisk stale lub okresowo podmokłych jest nieużytkowana i porośnięta turzycowiskami, pozostała zaś to ekstensywnie użytkowane łąki. Na obszarze Ostoi Tyszowieckiej występuje co najmniej 27 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 4 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.

Dolina Szyszły PLH 060042

Obszar ten zajmuje powierzchnię 2 557,20 ha, z czego 542,46 ha położona jest na terenie Nadleśnictwa. Obszar obejmuje dolinę rzeki Szyszły od wsi Zawady po szosę łączącą wsie Dyniska Stare i Dębina. Teren w części użytkowany ekstensywnie (kośne łąki, eksploatacja torfu), w części nieużytkowany. W dolinie tej znajdują się dobrze zachowane, rozległe płaty łąk zmiennowilgotnych. Występuje tu 7 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy i 6 gatunków z Załącznika II Dyrektywy. Na obszarze tym występuje co najmniej 15 gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej, w tym dubelt dla którego Dolina Szyszły jest jednym z najważniejszych ostoi w Polsce.

Zachodniowołyńska Dolina Bugu PLH 060035

Ostoja ta zajmuje łączny obszar 1 556,11ha, w tym  3,84 na obszarze Lasów Państwowych. Zajmuje on lewobrzeżne fragmenty doliny Bugu na odcinku, gdzie rzeka przepływa przez Wyżynę Zachodniowołyńską. W dnie doliny występuje mozaika wielogatunkowych, ekstensywnie użytkowanych łąk, zmienno wilgotnych  łąk trzęślicowych i płaty lasów łęgowych. Strome zbocza doliny Bugu porastają murawy.  Zidentyfikowano 7 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy, które łącznie zajmują ponad 60% powierzchni ostoi. Jest to jedno z dwóch stanowisk w Polsce żmijowca czerwonego.

Lasy Mirczańskie  PLH 060104

Obszar ten zajmujący 153,04 ha niemal w całości (147,92 ha) znajduje się na terenie Lasów Państwowych. Obejmuje on niewielki kompleks leśny na skraju doliny Bugu. Został on wyznaczony dla typowo wykształconego grądu subkontynentalnego w odmianie wołyńskiej. Drzewostany grądowe obfitują w różnorodność  gatunków flory i fauny.  W lukach i na obrzeżu lasu obszar zawiera niewielkie fragmenty ciepłolubnych dąbrów.

Lasy Dołhobyczowskie PLH 060103

Powierzchnia obszaru wynosi 472,88 ha, z czego 397,87 ha znajduje się na terenie Nadleśnictwa. Obszar składa się z trzech fragmentów kompleksów leśnych w leśnictwach Dołhobyczów i Witków. Na tym obszarze dominuje teren płaski, z drzewostanami otoczonymi przez grunty orne i niewielkie powierzchnie łąk. Obszar wyznaczony w celu ochrony typowo wykształconych grądów subkontynentalnych w odmianie wołyńskiej, który zajmuje 88% powierzchni obszaru. Głównym gatunkiem lasotwórczym jest dąb szypułkowy i grab.  Oprócz grądów występują również Łęgi olszowo-jesionowe zajmujące 10% powierzchni. Na występujących fragmentach śródleśnych łąk występują rzadkie gatunki motyli.

Adelina PLH 060084

Ostoja ta zajmuje obszar 483,73 ha, z czego  149,16 ha na terenie Nadleśnictwa. Ostoja położona jest w Kotlinie Hrubieszowskiej (Wyżyna Wołyńska), w sąsiedztwie doliny rzeki Huczwy. Ostoja obejmuje część kompleksu leśnego oraz śródleśne i przyleśne łąki w dolinkach dopływu Huczwy, gdzie występują licznie gatunki rzadkie i chronione m.in. kumak nizinny obuwik pospolity i dwa gatunki motyli z gatunku modraszek.

Tarnoszyn PLH 060100

Obszar ochrony siedlisk Tarnoszyn zajmuje powierzchnię 368,09 ha, w tym 359,91 ha położona jest na terenie Nadleśnictwa. Obszar ten obejmuje grądy subkontynentalne, w których oprócz graba dominuje dąb. Oprócz grądów na terenie obszaru występują łąki trzęślicowe i ciepłolubne dąbrowy. Na tym terenie występuje rzadka chroniona roślina obuwik pospolity. Na terenie obszaru Tarnoszyn występuje co najmniej 8 gatunków ptaków z I załącznika Dyrektywy Ptasiej.

Zlewnia Górnej Huczwy PLB 060035

Obszar ten nie leży na terenie lasów Nadleśnictwa, ale jest położony w jego zasięgu terytorialnym. Powierzchnia 6504,6 ha obejmuje zlewnię górnego biegu rzeki Huczwy oraz dwa kompleksy stawów rybnych. Na terenie obszaru Zlewnia Górnej Huczwy występuje co najmniej 31 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej oraz 3 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.