Las jako organizm żywy podlega oddziaływaniu różnorodnych czynników, zarówno przyrody ożywionej jak i nieożywionej. Mogą one mieć niekorzystny wpływ, a nawet powodować zagrożenia dla prawidłowego funkcjonowania ekosystemu leśnego. Bogactwo florystyczne i mnogość gatunków powodują, że lasy Nadleśnictwa Mircze odporne są na działanie różnych szkodliwych zjawisk. Jednak niektórym zdarzeniom o charakterze ekstremalnym nie mogą się oprzeć. Takie zdarzenie miało miejsce 23 czerwca 1997 roku, kiedy silny huragan
w ciągu 15 minut spowodował wyłamanie lasu na powierzchni łącznej ok. 500 ha. Podczas prac uprzątających, które trwały 2,5 roku, należało pozyskać ok. 100 tyś. m3 drewna oraz odnowić poprzez sadzenie ponad 400 ha lasu. W ciągu ostatniego dziesięciolecia doszło do masowego zamierania jesionu, który zajmował ponad 10% powierzchni lasów tutejszego nadleśnictwa. Problem zamierania jesionu dotyczy całej Europy, jednak w naszym nadleśnictwie jest on szczególny ze względu na jego duży udział w składzie tutejszych lasów. Ze względu na zagrożenie pożarowe lasy należą do III grupy lasów o małym zagrożeniu. Lasy liściaste (które w Mirczu zajmują ponad 80% powierzchni) są zwykle bardziej odporne od iglastych na pożary. Jedynym problemem pożarowym było do tej pory zagrożenie upraw leśnych graniczących z polami. Przy tych powierzchniach zwykle w sierpniu rolnicy wypalali słomę po żniwach. Wówczas zeschłe trawy na uprawach stanowiły duże niebezpieczeństwo pożaru. Ostatnio ten problem stracił na znaczeniu, gdyż przepisy unijne są pod tym względem restrykcyjne,
a perspektywa utraty dopłat obszarowych przez rolników wypalających resztki pożniwne działa odstraszająco. Największym naszym problemem jest zaśmiecanie lasów, zwłaszcza w pobliżu ciągów komunikacyjnych. Ze względu na masowy charakter tego problemu jest on stale widoczny, pomimo intensywnych prac i znacznych nakładów finansowych przeznaczonych na uprzątanie lasów. Ciągle istotne znaczenie posiada konieczność uświadomienia części społeczeństwa dotycząca szkodliwości niektórych zachowań. Dlatego też apelujemy do wszystkich, którzy odwiedzają las, aby pozostawili go w stanie nie gorszym niż zastali.

Do zadań z zakresu ochrony lasu należy:

 -zabezpieczanie upraw przed zwierzyną poprzez smarowanie repentolem
 -zabezpieczanie mechaniczne upraw poprzez palikowanie i stosowanie zabezpieczeń z folii aluminiowej

Skuteczność w/w metod należy uznać jako dobrą. W Nadleśnictwie zabezpiecza się uprawy do 5-tego roku życia ze względu na fakt, że szkody w tym okresie są najdotkliwsze.
Zabezpieczana powierzchnia upraw wynosi ok. 45% całkowitej powierzchni założonych upraw. Średniorocznie zabezpiecza się ok. 160 ha upraw. Rozmiary szkód wyrządzanych przez jeleniowate zmniejsza się również poprzez wykładanie drzew do spałowania i zakładanie różnych form poletek łowieckich oraz zimowe dokarmianie zwierzyny. Na terenie nadleśnictwa nie występują istotne zagrożenia ze strony owadów i grzybów pasożytniczych.  Z tych ostatnich wymienić należy mączniaka prawdziwego dębu który cyklicznie (szczególnie w czasie wilgotnego lata) występuje na szkółkach.   Patogen ten jest skutecznie zwalczany jedynie w przypadku skoncentrowanej powierzchni na szkółkach (gdzie może wyrządzić duże szkody) poprzez stosowanie odpowiednich fungicydów.
Na powierzchniach leśnych w/w choroby nadleśnictwo nie zwalcza ze względu na małe znaczenie gospodarcze w starszej fazie wzrostu sadzonek.