Na terenie Nadleśnictwa Mircze zostało zlokalizowanych 9 obszarów NATURA 2000, o łącznej powierzchni  ponad 3 000 ha. 

Dolina Środkowego Bugu PLB060003

Dolina Środkowego Bugu zajmuje powierzchnię 28 096,55 ha, z czego 7,19 znajduje się na terenie lasów Nadleśnictwa. Obszar stanowi odcinek doliny Bugu między okolicą miejscowości Gołębie, a Terespolem, gdzie rzeka staje się rzeką graniczną. Na całym odcinku rzeka ma naturalny charakter, z licznymi meandrami i starorzeczami. Koryto jest głęboko wycięte, skarpy osiągają kilka metrów wysokości. Dolina rzeki zajęta jest przez łąki, miejscami niewielkie płaty zdegradowanych lasów nadrzecznych, kępy zarośli wierzbowych i pola uprawne. Występują tu co najmniej 22 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 9 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi oraz bogata flora roślin naczyniowych.

Ostoja Tyszowiecka PLB 060011

Zajmuje ona obszar 11 029,41 ha, z czego 1 419,89 ha na terenie Nadleśnictwa. Rozległy obszar obejmujący cała dolinę rzeki Sieniochy i środkowy odcinek doliny Huczwy. Obniżenia w dolinie wypełnione są torfami występującymi na utworach kredowych lub piaszczystych. Obszar występowania utworów piaszczystych porośnięty jest borami. Na żyźniejszych siedliskach występują lasy grądowe, a na terenach podmokłych olsy.  W górnym biegu Sieniochy znajdują się dwa kompleksy stawów rybnych (Dub i Swaryczów), na których prowadzona jest gospodarka rybacka. Duża część torfowisk stale lub okresowo podmokłych jest nieużytkowana i porośnięta turzycowiskami, pozostała zaś to ekstensywnie użytkowane łąki. Na obszarze Ostoi Tyszowieckiej występuje co najmniej 27 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 4 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.

Dolina Szyszły PLH 060042

Obszar ten zajmuje powierzchnię 2 557,20 ha, z czego 552,86 ha położona jest na terenie Nadleśnictwa. Obszar obejmuje dolinę rzeki Szyszły od wsi Zawady po szosę łączącą wsie Dyniska Stare i Dębina. Teren w części użytkowany ekstensywnie (kośne łąki, eksploatacja torfu), w części nieużytkowany. W dolinie tej znajdują się dobrze zachowane, rozległe płaty łąk zmiennowilgotnych. Występuje tu 7 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy i 6 gatunków z Załącznika II Dyrektywy. Na obszarze tym występuje co najmniej 15 gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej, w tym dubelt dla którego Dolina Szyszły jest jednym z najważniejszych ostoi w Polsce.

Zachodniowołyńska Dolina Bugu PLH 060035

Ostoja ta zajmuje łączny obszar 1 556,11ha, w tym  3,84 na obszarze Lasów Państwowych. Zajmuje on lewobrzeżne fragmenty doliny Bugu na odcinku, gdzie rzeka przepływa przez Wyżynę Zachodniowołyńską. W dnie doliny występuje mozaika wielogatunkowych, ekstensywnie użytkowanych łąk, zmienno wilgotnych  łąk trzęślicowych i płaty lasów łęgowych. Strome zbocza doliny Bugu porastają murawy.  Zidentyfikowano 7 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy, które łącznie zajmują ponad 60% powierzchni ostoi. Jest to jedno z dwóch stanowisk w Polsce żmijowca czerwonego.

Lasy Mirczańskie  PLH 060104

Obszar ten zajmuje na terenie Lasów Państwowych 155,71 ha. Obejmuje on niewielki kompleks leśny na skraju doliny Bugu. Został on wyznaczony dla typowo wykształconego grądu subkontynentalnego w odmianie wołyńskiej. Drzewostany grądowe obfitują w różnorodność  gatunków flory i fauny.  W lukach i na obrzeżu lasu obszar zawiera niewielkie fragmenty ciepłolubnych dąbrów.

Lasy Dołhobyczowskie PLH 060103

Powierzchnia obszaru wynosi 472,88 ha, z czego 405,12 ha znajduje się na terenie Nadleśnictwa. Obszar składa się z trzech fragmentów kompleksów leśnych w leśnictwach Dołhobyczów i Witków. Na tym obszarze dominuje teren płaski, z drzewostanami otoczonymi przez grunty orne i niewielkie powierzchnie łąk. Obszar wyznaczony w celu ochrony typowo wykształconych grądów subkontynentalnych w odmianie wołyńskiej, który zajmuje 88% powierzchni obszaru. Głównym gatunkiem lasotwórczym jest dąb szypułkowy i grab.  Oprócz grądów występują również Łęgi olszowo-jesionowe zajmujące 10% powierzchni. Na występujących fragmentach śródleśnych łąk występują rzadkie gatunki motyli.

Adelina PLH 060084

Ostoja ta zajmuje obszar 483,73 ha, z czego  152,27 ha na terenie Nadleśnictwa. Ostoja położona jest w Kotlinie Hrubieszowskiej (Wyżyna Wołyńska), w sąsiedztwie doliny rzeki Huczwy. Ostoja obejmuje część kompleksu leśnego oraz śródleśne i przyleśne łąki w dolinkach dopływu Huczwy, gdzie występują licznie gatunki rzadkie i chronione m.in. kumak nizinny obuwik pospolity i dwa gatunki motyli z gatunku modraszek.

Tarnoszyn PLH 060100

Obszar ochrony siedlisk Tarnoszyn zajmuje powierzchnię 368,09 ha, w tym 366,21 ha położona jest na terenie Nadleśnictwa. Obszar ten obejmuje grądy subkontynentalne, w których oprócz graba dominuje dąb. Oprócz grądów na terenie obszaru występują łąki trzęślicowe i ciepłolubne dąbrowy. Na tym terenie występuje rzadka chroniona roślina obuwik pospolity. Na terenie obszaru Tarnoszyn występuje co najmniej 8 gatunków ptaków z I załącznika Dyrektywy Ptasiej.

Zlewnia Górnej Huczwy PLB 060035

Obszar ten nie leży na terenie lasów Nadleśnictwa, ale jest położony w jego zasięgu terytorialnym. Powierzchnia 6504,6 ha obejmuje zlewnię górnego biegu rzeki Huczwy oraz dwa kompleksy stawów rybnych. Na terenie obszaru Zlewnia Górnej Huczwy występuje co najmniej 31 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej oraz 3 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi.